Il Cenobio fu fatto costruire da Beatrice Caetani, sorella di Onorato III conte di Fondi, nonché moglie di Berardo Gaspare de Aquino, proprietario di Roccasecca dal 1448 al 1461. Alla sua morte, avvenuta nel 1488, la signora fu sepolta proprio nello stesso edificio, come ricordava una lapide andata distrutta nell'ultimo conflitto bellico. La nascita della struttura monastica determinò la formazione di un cospicuo insediamento abitativo che andò gradatamente ampliandosi fino a ricongiungersi con il sottostante borgo della "Valle".
A tale località fu dato il nome di "San Francesco". I minori conventuali di San Francesco rimasero nel cenobio di Roccasecca fino al 1809, quando il re di Napoli, Gioacchino Murat, con il decreto n. 448 del 7 agosto, sancì la soppressione degli ordini religiosi.
Nel 1844 il convento venne affidato all'ordine del S.S. Cuore di Gesù e di Maria che vi prestò servizio fino al 1898. Nel 1905 a Roccasecca fecero ritorno i Minori Conventuali che lì rimasero fino al 1981, quando l'amministrazione comunale, revocando una precedente concessione del 1932, rientrò in possesso dei locali.
Stupende sono due bifore, ubicate nel corpo centrale dell'edificio, contornate da pregevoli motivi ornamentali in pietra levigata che attestano l'antica predisposizione del luogo sacro.
Contigua al Convento è la Chiesa, anch'essa dedicata a San Francesco e realizzata nella seconda metà del 400, su iniziativa di Beatrice Caetani.
Fu ristrutturata nella metà del ‘700 come documenta l'atto del notaio N. Renzi del 20 maggio del 1752 (n. 54, foglio 68).
La Chiesa, già esistente alla fine del quattrocento, fu anch’essa ricostruita alla metà del settecento. E’ ad una sola navata e sia la facciata che l'interno, decorato con stucchi di squisita fattura, sono di armoniche proporzioni e di buon gusto barocco.